Prédiction de la structure des protéines by Fouad Sabry

Prédiction de la structure des protéines-Ce chapitre présente les concepts fondamentaux et l’importance de la prédiction de la structure des protéines, préparant le terrain pour les discussions qui suivent.

Hélice alpha-Ce chapitre se concentre sur l’hélice alpha, l’un des motifs structuraux les plus courants des protéines, et sur son rôle dans leur stabilité et leur fonction globales.

Feuillet bêta-Ce chapitre explore la structure du feuillet bêta, sa formation et son rôle dans la structure tertiaire et la fonction biologique des protéines.

Structure secondaire des protéines-Approfondit les différents éléments structuraux secondaires des protéines et explique leur influence sur leur repliement et leur stabilité.

Structure tertiaire des protéines-Discute de l’agencement tridimensionnel des éléments structuraux secondaires et des forces qui stabilisent cette structure finale.

Topologie membranaire-Ce chapitre aborde la prédiction des structures des protéines membranaires et leurs interactions complexes avec les bicouches lipidiques.

Alignement structural-Présente les techniques d’alignement des structures protéiques, essentielles pour comparer et contraster les protéines homologues.

Bioinformatique structurale-Aperçu des outils et méthodes informatiques utilisés pour la prédiction et l’analyse de la structure des protéines.

Structure des protéines-Donne un aperçu des différents niveaux de structure des protéines et de leur lien avec leur fonction.

Conception des protéines-Aborde les principes et méthodes de conception de protéines dotées de fonctions spécifiques, à l’aide de techniques informatiques.

Protéines en treillis-explore le concept de modèles en treillis dans le repliement des protéines, contribuant ainsi à comprendre la formation de leurs structures.

Enfilage (séquence protéique)-présente les techniques d'enfilage utilisées pour prédire les structures protéiques en fonction des similarités de séquence avec des structures connues.

Carte de contact des protéines-se concentre sur l'utilisation des cartes de contact pour prédire le repliement et les interactions des protéines.

Tour (biochimie)-aborde le rôle des tours dans les structures protéiques, leur formation et leur importance dans le maintien de la stabilité des protéines.

Modélisation par homologie-ce chapitre explore le processus de création de modèles tridimensionnels de protéines basés sur l'homologie de séquence.

Modélisation par boucle-se concentre sur les techniques de modélisation des régions de boucle dans les protéines, essentielles à leur fonction et à leur stabilité.

Prédiction de novo de la structure des protéines-offre un aperçu approfondi des approches utilisées pour prédire les structures protéiques sans recourir à des modèles homologues.

Domaine protéique-Aborde la nature modulaire des protéines et l’importance des domaines protéiques dans leur structure et leur fonction.

Phyre-Étude de cas du serveur Phyre, un outil largement utilisé pour la prédiction de la structure des protéines, expliquant ses applications et ses méthodes.

Superfamille de protéines-Présentation du concept de superfamilles de protéines et de leur importance en biologie évolutive et en prédiction fonctionnelle.

ITASSER-Explication détaillée de l’outil ITASSER, une méthode puissante de prédiction de la structure des protéines intégrant de multiples techniques.